商標申請流程分為『申請階段』和『註冊階段』，委任辦理先支付『申請階段』費用，官方審核時間約6個月，『註冊階段』費用將於商標審查核准註冊後收取。倘若該商標之申請未能完成註冊，則無需再支付註冊階段的費用。

商標申請是依『該次指定之類別數量』計費，智慧財產局依照商品及服務的特性，將商標區分為第1至第45類，每類別所囊括的主題範圍皆有所不同，而每一類別包含的細項，更達數百項甚至千項。透過商標代理人協助，在每個類別內的數百個品項中挑選，兼顧預算考量及現在/短期未來可能的營業使用需求，至關重要。

商標申請過程有可能依審查委員要求，須提出陳述意見進行申復程序，屆時將依個案複雜程度不同，於啟動申復程序時另提出服務說明與報價。